Было чуть не сдался с попытками подружить Obsidian и NextCloud для Android с его двусторонней синхронизацией по Шрёдингеру, но... Да, их не подружить.
Зато в обход бесполезного NextCloud-клиента выручает клёвый WebDAV-совместимый плагин Remotely Save для Obsidian, чтобы всё-таки гонять в Nextcloud. Установил пароль приложения для прохода без 2FA/TOTP, интервалы синхронизации, триггер при сохранении файлов и единую конфигурацию на устройствах. Всё работает плавненько, и я могу не переживать из-за всяких там конфликтов.