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twitter.comの方は、非公開のDMや非公開アカウント、非公開リストや各種登録情報（メアドやTELなど）がうっかり公開されたり流出したりすることになっては大変なので、使わない人はアカウントごと消しておく方が安全かなと思います。各種連携が、気づかないうちに悪さをするという可能性もありますし。
　ただし、閲覧オンリーなどで定期的にアクセスしている人は、何かトラブルが起きた場合でもすぐに対処できるので、「アカウントがまっとうに存続しているうちは維持しておく」という扱いでも、さしあたりは大丈夫そうですが。